Существует не подкреплённое ссылками на заслуживающие доверия источники представление о том, что первую водку изготовил арабский врач Парес в 860 году, использовалась она якобы в медицинских целях. Данное утверждение не представляется убедительным хотя бы потому, что в арабском языке отсутствует буква «п», и арабского имени «Парес» просто не существует.
В Европе первая перегонка сахаросодержащей жидкости была сделана итальянским монахом-алхимиком Валентиусом.
В России водка появилась в конце XIV века. В 1386 году генуэзское посольство привезло в Москву первую водку («Aqua Vitae» — «живая вода»). Алхимики Прованса приспособили изобретенный арабами перегонный куб для превращения виноградного сусла в спирт. Коран запрещает мусульманам употребление любых спиртных напитков, поэтому арабы использовали cпирт для приготовления духов. В Европе же от «аквавиты» родились все современные крепкие напитки: бренди, коньяк, виски, шнапс и русская водка. Изумление от встречи с неведомым продуктом было так велико, что ему присвоили название – спирт (по латыни «spiritus»-дух). На Руси водка стала называться «хлебным вином» и вырабатывалась из растений семейства злаковых:ржи, пшеницы или ячменя.
Согласно легенде, около 1430 года монах Исидор из Чудова монастыря, находившегося на территории Московского Кремля, создал рецепт первой русской водки. Имея подходящее образование и обладая винокуренным оборудованием, он стал автором качественно нового алкогольного напитка.
В 1533 году была введена государственная монополия на производство водки и продажу в «царёвых кабаках». Официальный термин «водка», установленный в законодательном порядке впервые появляется только в Указе Елизаветы I «Кому дозволено иметь кубы для движения водок», изданном 8 июня 1751 года. Затем этот термин появляется спустя почти 150 лет, на рубеже XIX и XX веков, в связи с введением государственной монополии на производство и торговлю водкой. В 1789 году петербургский химик Товий Ловиц предложил использовать древесный уголь для очистки водки от сивушных масел.
Дмитрий Менделеев 31 января 1865 года защитил докторскую диссертацию «О соединении спирта с водою», посвящённую теории растворов на основе исследований водного раствора спирта. Мнения о выводах из этой диссертации расходятся. Некоторые считают, что в этой диссертации Д. И. Менделеев предложил содержание спирта в водке 40°, как идеальное с точки зрения питья. Согласно информации «Музея Водки» в Санкт-Петербурге, Менделеев считал идеальной крепостью водки 38°, но это число было округлено до 40 для упрощения расчёта налога на алкоголь. Однако, по данным И. С. Дмитриева, директора музея-архива Д. И. Менделеева при ЛГУ, Менделеев вообще не интересовался концентрациями спиртовых растворов характерных для водки и не пытался определить оптимальную крепость водки. Данные об этом диапазоне концентраций в его диссертации были взяты из более ранней работы английского химика Дж. Гильпина. Сам же Менделеев изучал растворы более высоких концентраций. Также он не обнаружил никаких особых физико-химических свойств у растворов этанола с этой концентрацией и никак их отдельно не выделял. Более того, Менделеев водку не пил, а предпочитал сухое вино. Известно его высказывание о водке, как источнике средств для государственной казны: «Неужели, в самом деле, положение наше таково, что в кабаке, казённом или частном, должно видеть спасение для экономического быта народа, то есть России, и в водке, да в способах её потребления искать исхода для улучшения современного состояния дел народных и государственных».
В 1894 году российское правительство запатентовало водку, содержащую 40 весовых частей этилового спирта и пропущенную через угольный фильтр, в качестве русской национальной водки под названием «Московская особенная».